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認定NPO法人富士山測候所を活用する会は、旧富士山測候所を利用して研究・教育を行うことを希望する大学・公的研究機関、教育機関、企業等の研究者に対して、インフラ(研究環境、電源等)と安全管理・ロジステック等の支援を行っている団体である。測候所内において有人観測ができる夏期2ヶ月間は延べ400人強が参加する大規模な観測が行われる。この場所を利用する研究グループの研究分野は多様化しており、PM2.5や汚染化学物質、オゾン、一酸化炭素など、環境観測には欠かせない物理量を多岐にわたりモニタリングしている。近年の成果として特筆されるのは、地球温暖化問題として最も重要なデータとなる二酸化炭素濃度の通年連続観測に成功し、温室効果気体観測の世界標準となっているハワイのマウナロアの観測と並ぶ世界屈指のデータを取得していることが挙げられる。一方、教育グループの活用者も多く、高等学校の利用や、市民科学団体の利用など、理科教育の実験室提供としても役割を果たしてきた。

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